生物学的计算科学软件 | 代码海洋

Code Ocean

Code Ocean是一个创新的计算科学平台，专为生物技术和制药行业的需求而设计。通过为生物信息学和数据分析提供一个协作和可重现的环境，Code Ocean简化了计算科学家、研发团队和IT专业人员的研究过程。平台对可追溯性和合规性的高度重视，使研究人员能够自信地管理他们的计算工作流程，确保结果既准确又可重现。

平台的独特功能，如计算胶囊、管道��集成模型管理，使用户能够轻松设置环境、运行复杂分析并跟踪数据的来源。Code Ocean的云基础设施使组织能够利用现有的云架构，消除了定制系统的负担，促进了团队成员之间的无缝协作。因此，Code Ocean不仅提高了研究效率，也加速了计算生物学和生物信息学快速发展的领域的创新。

Code Ocean 的产品特点

概述

Code Ocean 是一个前沿的计算科学平台，专为生物信息学以及生物技术和制药行业的研发而设计。它使科学家能够在一个基于云的协作和可重复环境中进行分析、构建流程和管理机器学习模型。

主要目的和目标用户群体

Code Ocean 的主要目标是简化计算工作流程，增强研究环境中的协作。它特别为计算科学家、生物信息学家、研发专业人员、实验室科学家以及生物技术、制药公司、研究机构和大学的 IT 团队而设计。

功能详细信息和操作

• 计算胶囊：将代码、数据和环境打包成一个单一且可移植的对象，确保可重复性和简便性。
• 流程：让用户连接、自动化、并行化和扩展他们的计算工作，便于使用可视化配置工具。
• 模型：无缝整合 MLflow，用于跟踪、注册、关系管理和推断机器学习模型。
• 数据管理：在统一的云环境中组织和控制来自不同来源的数据资产。
• 沿袭图：自动生成并保存结果来源的详细记录，以保证完全的可重复性。
• 集合：收集和组织计算工作，以增强研究项目的可见性和可访问性。
• 应用：访问现成的无代码生物信息学应用，或构建符合特定需求的自定义解决方案。
• 管理面板：一个全面的界面，用于有效管理所有用户、资源和数据。

用户福利

• 增强协作：促进计算项目的更轻松和高效的团队协作。
• 可重复性和可追溯性：提供可靠的结果和方法跟踪，增强科学诚信。
• 时间和资源效率：减少对 IT 的依赖，通过自动化过程和简单设置节省时间。
• 自助服务能力：让研究人员能够独立执行分析，而无需大量技术支持。

兼容性和集成

Code Ocean 可在多种云架构上运行，确保与现有系统的兼容性。它与 AWS 的配合良好，并能与其他数据科学/机器学习平台无缝集成，实现流畅的工作流程，没有供应商锁定。

客户反馈和案例研究

用户一致赞扬 Code Ocean 的强大自动化和用户友好界面，从而加速研究过程，改善团队间的协作，并增强数据完整性。案例研究显示出显著的生产力提升和对分析结果的信任度加深。

访问和激活方式

要开始使用 Code Ocean，感兴趣的用户可以访问官方网站 Code Ocean，并预约演示或注册账户以探索其功能。

什么是 Code Ocean？

Code Ocean 是一个专门为生物学和生物信息学设计的计算科学平台。它通过封装代码、数据和计算环境，促进协作和可重复的研究，使科学家能够在安全的云环境中更轻松地进行分析、构建流程和管理机器学习模型。

Code Ocean 提供哪些功能？

Code Ocean 提供几个关键功能，包括：

• 计算胶囊：将您的代码、数据和计算环境打包成一个对象，以便于共享和可重复性。
• 流程：连接、自动化和并行化计算工作，以简化研究过程。
• 模型：利用集成的 MLflow 跟踪、注册、血统和推断机器学习模型。
• 数据管理：在统一的云环境中处理来自多个来源的所有数据资产。
• 血统图：维护一个不可变的记录，显示结果是如何生成的，确保透明性和可重复性。
• 集合：组织并使计算工作可见和可访问。
• 应用：使用现有的无代码生物信息学应用程序或从头创建新的应用程序。
• 管理面板：通过一个界面管理所有用户、资源和数据。

我该如何使用 Code Ocean？

要使用 Code Ocean，您可以按照以下步骤操作：

1. 注册：在 Code Ocean 上创建一个帐户以访问该平台。
2. 创建计算胶囊：将您的代码、数据和所需的环境打包成计算胶囊。
3. 构建流程：使用可视化构建器连接不同的过程，创建生物信息学流程。
4. 管理数据和模型：上传和跟踪您的数据资产，协作开发机器学习模型，并利用血统图确保可重复性。
5. 协作：与同事分享您的工作，并在平台上共同开发项目。
6. 监测结果：利用血统图和其他工具监测您的计算工作流生成的结果。

Code Ocean 的定价是什么？

Code Ocean 的定价根据组织需求和使用情况而有所不同。有关具体的定价详情，最好直接联系 Code Ocean 或访问他们的网站，了解针对不同类型用户（如生物技术公司、研究机构和大学）量身定制的计划信息。

使用 Code Ocean 的一些有用提示是什么？

• 利用模板：从现成的计算胶囊和流程开始，加快您的初始设置。
• 使用管理面板：熟悉管理面板，以高效管理用户和资源。
• 充分利用 MLflow 集成：充分利用集成的 MLflow 功能，跟踪您的机器学习模型并确保可重复性。
• 参加网络研讨会：参与 Code Ocean 提供的网络研讨会和资源，以了解最佳实践和高级功能。
• 文档：定期参考用户文档，以获取有关使用平台各种功能的逐步指导。

Code Ocean 对我的研究数据安全吗？

是的，Code Ocean 强调安全性和合规性，采用最佳的数据管理实践。它支持 FAIR 原则，确保数据可发现、可访问、可互操作和可重用，同时提供管理用户访问和维护数据完整性的功能。

我可以联系 Code Ocean 寻求支持吗？

可以，对于支持查询，您可以通过其网站或电子邮件 (support@codeocean.com) 联系 Code Ocean 的客户服务。他们提供用户文档、指南和常见问题解答等资源，以帮助您有效使用该平台。