Logiciels de science computationnelle pour la biologie | Code Ocean

Code Ocean : une plateforme innovante pour la science computationnelle

Code Ocean est une plateforme innovante de science computationnelle conçue spécifiquement pour les besoins des industries biotechnologiques et pharmaceutiques. En fournissant un environnement collaboratif et reproductible pour la bioinformatique et l'analyse de données, Code Ocean rationalise le processus de recherche pour les scientifiques computationnels, les équipes de R&D et les professionnels de l'IT. Avec un fort accent sur la traçabilité et la conformité, les chercheurs peuvent gérer leurs flux de travail computationnels en toute confiance et s'assurer que les résultats sont à la fois précis et reproductibles.

Les fonctionnalités uniques de la plateforme, telles que les capsules de calcul, les pipelines et la gestion intégrée des modèles, permettent aux utilisateurs de configurer facilement des environnements, d'exécuter des analyses sophistiquées et de suivre la lignée de leurs données. L'infrastructure basée sur le cloud de Code Ocean permet aux organisations d'utiliser des architectures cloud existantes, éliminant ainsi le fardeau des systèmes sur mesure et favorisant une collaboration sans faille entre les membres de l'équipe. En conséquence, Code Ocean non seulement améliore l'efficacité de la recherche, mais accelère également l'innovation dans les domaines en évolution rapide de la biologie computationnelle et de la bioinformatique.

Caractéristiques du produit Code Ocean

Aperçu

Code Ocean est une plateforme de science computationnelle de pointe dédiée à la bioinformatique et à la recherche et développement dans les biotechnologies et les produits pharmaceutiques. Elle permet aux scientifiques d'effectuer des analyses, de construire des pipelines et de gérer des modèles d'apprentissage automatique dans un environnement collaboratif et reproductible basé sur le cloud.

Objectif principal et groupe d'utilisateurs ciblé

L'objectif principal de Code Ocean est de simplifier les flux de travail computationnels et d'améliorer la collaboration dans les environnements de recherche. Il est spécialement conçu pour les scientifiques computationnels, les bioinformaticiens, les professionnels de la R&D, les chercheurs en laboratoire et les équipes informatiques dans les entreprises de biotechnologie, les sociétés pharmaceutiques, les instituts de recherche et les universités.

Détails des fonctionnalités et fonctionnement

• Capsules de calcul : Emballe du code, des données et un environnement dans un objet unique et portable qui assure la reproductibilité et la simplicité.
• Pipelines : Permettent aux utilisateurs de connecter, automatiser, paralléliser et étendre leur travail computationnel grâce à un accès facile à des outils de configuration visuels.
• Modèles : Intègre MLflow pour le suivi, l'enregistrement, la lignée et l'inférence des modèles d'apprentissage automatique de manière fluide.
• Gestion des données : Organise et contrôle les actifs de données provenant de diverses sources dans un environnement cloud unifié.
• Graphique de lignée : Génère automatiquement et préserve un registre détaillé de la provenance des résultats pour une reproductibilité totale.
• Collections : Rassemble et organise le travail computationnel pour améliorer la visibilité et l'accessibilité au sein des projets de recherche.
• Applications : Accède à des applications de bioinformatique prêtes à l'emploi sans code ou construit des solutions personnalisées adaptées à des besoins spécifiques.
• Panneau d'administration : Une interface complète pour gérer tous les utilisateurs, ressources et données de manière efficace.

Avantages pour l'utilisateur

• Collaboration améliorée : Facilite le travail d'équipe plus facile et plus efficace sur les projets computationnels.
• Reproductibilité et traçabilité : Offre un suivi fiable des résultats et des méthodologies, renforçant l'intégrité scientifique.
• Efficience en termes de temps et de ressources : Réduit la dépendance à l'informatique et fait gagner du temps grâce à des processus automatisés et une configuration facile.
• Capacités en libre-service : Permet aux chercheurs d'exécuter des analyses de manière autonome sans nécessiter un support technique étendu.

Compatibilité et intégration

Code Ocean fonctionne sur diverses architectures cloud, garantissant la compatibilité avec les systèmes existants. Il fonctionne bien avec AWS et s'intègre de manière fluide avec d'autres plateformes DS/ML, permettant un flux de travail sans verrouillage fournisseur.

Avis des clients et études de cas

Les utilisateurs louent constamment Code Ocean pour son automatisation puissante et son interface conviviale, ce qui conduit à des processus de recherche accélérés, une amélioration de la collaboration entre les équipes et une intégrité des données accrue. Les études de cas révèlent des gains de productivité significatifs et une confiance accrue dans les résultats des analyses.

Méthode d'accès et d'activation

Pour commencer avec Code Ocean, les parties intéressées peuvent visiter le site officiel Code Ocean et planifier une démonstration ou s'inscrire pour un compte afin d'explorer ses fonctionnalités.

Qu'est-ce que Code Ocean ?

Code Ocean est une plateforme de science computationnelle spécifiquement conçue pour la biologie et la bioinformatique. Elle permet une recherche collaborative et reproductible en encapsulant le code, les données et les environnements computationnels, facilitant ainsi aux scientifiques l'exécution d'analyses, la construction de pipelines et la gestion de modèles d'apprentissage automatique dans un environnement sécurisé basé sur le cloud.

Quelles fonctionnalités Code Ocean offre-t-il ?

Code Ocean fournit plusieurs fonctionnalités clés, notamment :

• Capsules de calcul : Emballez votre code, vos données et votre environnement informatique dans un seul objet pour un partage et une reproductibilité faciles.
• Pipelines : Connectez, automatisez et parallélisez le travail computationnel pour rationaliser les processus de recherche.
• Modèles : Utilisez MLflow intégré pour le suivi, l'enregistrement, la provenance et l'inférence des modèles d'apprentissage automatique.
• Gestion des données : Gérez tous les actifs de données provenant de sources multiples dans un environnement cloud unifié.
• Graphique de provenance : Maintenez un enregistrement immuable de la manière dont les résultats sont générés, garantissant ainsi transparence et reproductibilité.
• Collections : Organisez et rendez le travail computationnel visible et accessible.
• Applications : Utilisez des applications de bioinformatique sans code existantes ou créez de nouvelles applications à partir de zéro.
• Panneau d'administration : Gérez tous les utilisateurs, ressources et données depuis une seule interface.

Comment utiliser Code Ocean ?

Pour utiliser Code Ocean, vous pouvez suivre ces étapes :

1. Inscription : Créez un compte sur Code Ocean pour accéder à la plateforme.
2. Créer des capsules de calcul : Emballez votre code, vos données et les environnements nécessaires dans des capsules de calcul.
3. Construire des pipelines : Utilisez le constructeur visuel pour connecter différents processus et créer des pipelines de bioinformatique.
4. Gérer les données et les modèles : Téléchargez et suivez vos actifs de données, collaborez au développement des modèles ML, et utilisez le graphique de provenance pour la reproductibilité.
5. Collaborer : Partagez votre travail avec des collègues et co-développez des projets au sein de la plateforme.
6. Surveiller les résultats : Utilisez le graphique de provenance et d'autres outils pour surveiller les résultats générés par vos flux de travail computationnels.

Quel est le tarif de Code Ocean ?

Les prix de Code Ocean varient en fonction des besoins organisationnels et de l'utilisation. Pour des détails spécifiques sur les prix, il est préférable de contacter directement Code Ocean ou de visiter leur site web pour plus d'informations concernant les plans adaptés à différents types d'utilisateurs, comme les entreprises de biotechnologie, les instituts de recherche et les universités.

Quels sont quelques conseils utiles pour utiliser Code Ocean ?

• Tirez parti des modèles : Commencez avec des capsules de calcul et des pipelines déjà prêts pour accélérer votre configuration initiale.
• Utilisez le panneau d'administration : Familiarisez-vous avec le panneau d'administration pour gérer efficacement les utilisateurs et les ressources.
• Profitez de l'intégration MLflow : Maximisez les fonctionnalités intégrées de MLflow pour suivre vos modèles d'apprentissage automatique et garantir la reproductibilité.
• Participez à des webinaires : Engagez-vous dans des webinaires et des ressources offertes par Code Ocean pour apprendre les meilleures pratiques et les fonctionnalités avancées.
• Documentation : Consultez régulièrement la documentation utilisateur pour des conseils étape par étape sur l'utilisation des différentes fonctionnalités de la plateforme.

Code Ocean est-il sécurisé pour mes données de recherche ?

Oui, Code Ocean met l'accent sur la sécurité et la conformité, en intégrant les meilleures pratiques en matière de gestion des données. Il soutient les principes FAIR pour garantir que les données sont trouvables, accessibles, interopérables et réutilisables, tout en fournissant des fonctionnalités pour gérer l'accès des utilisateurs et maintenir l'intégrité des données.

Puis-je contacter Code Ocean pour un support ?

Oui, pour les demandes de support, vous pouvez contacter le service client de Code Ocean via leur site web ou par e-mail à support@codeocean.com. Ils offrent des ressources telles que la documentation utilisateur, des guides et des FAQ pour vous aider à utiliser la plateforme efficacement.