生物学のための計算科学ソフトウェア | コードオーシャン

Code Ocean

Code Oceanは、バイオテクノロジーおよび製薬業界のニーズに特化して設計された革新的な計算科学プラットフォームです。バイオインフォマティクスやデータ分析のための協力的で再現可能な環境を提供することにより、Code Oceanは計算科学者、研究開発チーム、IT専門家の研究プロセスを効率化します。追跡性とコンプライアンスを強調することで、研究者は自信を持って計算ワークフローを管理し、結果が正確かつ再現可能であることを保証できます。

プラットフォームの独自の機能、例えばコンピュートカプセル、パイプライン、統合モデル管理により、ユーザーは環境を簡単に設定し、複雑な分析を実行し、データの系統を追跡することができます。Code Oceanのクラウドベースのインフラは、組織が既存のクラウドアーキテクチャを活用できるようにし、カスタムビルトシステムの負担を軽減し、チームメンバー間のシームレスなコラボレーションを促進します。その結果、Code Oceanは研究の効率を高めるだけでなく、急速に進化する計算生物学およびバイオインフォマティクスの分野におけるイノベーションを加速します。

Code Oceanの製品機能

概要

Code Oceanは、バイオインフォマティクスおよびバイオテクノロジー・製薬分野の研究・開発に特化した最先端の計算科学プラットフォームです。科学者が分析を行い、パイプラインを構築し、共同作業で再現可能なクラウドベースの環境で機械学習モデルを管理できるようにします。

主な目的とターゲットユーザーグループ

Code Oceanの主な目的は、計算ワークフローを効率化し、研究環境での協力を強化することです。特に計算科学者、バイオインフォマティシャン、R&D専門家、ベンチ科学者、およびバイオテクノロジー・製薬会社、研究機関、大学のITチーム向けに設計されています。

機能詳細と操作

• コンピュートカプセル: コード、データ、および環境を単一のポータブルオブジェクトにパッケージ化し、再現性と簡易性を確保します。
• パイプライン: ユーザーが計算作業を接続、自動化、並列化、スケールさせることを可能にし、視覚的設定ツールへの簡単なアクセスを提供します。
• モデル: 機械学習モデルの追跡、登録、系譜、および推論をシームレスに行うためにMLflowを統合します。
• データ管理: 様々なソースからのデータ資産を統一されたクラウド環境で整理し管理します。
• 系譜グラフ: 結果の出所の詳細な記録を自動的に生成し、保存することで完全な再現性を確保します。
• コレクション: 計算作業を収集・整理し、研究プロジェクト内での可視性とアクセス性を高めます。
• アプリ: 既製のノーコードバイオインフォマティクスアプリケーションにアクセスするか、特定のニーズに合わせたカスタムソリューションを構築します。
• 管理パネル: すべてのユーザー、リソース、およびデータを効果的に管理するための包括的なインターフェースです。

ユーザーのメリット

• 強化されたコラボレーション: 計算プロジェクトのチームワークが容易で効率的になります。
• 再現性とトレーサビリティ: 結果と方法論の信頼できる追跡を提供し、科学的整合性を高めます。
• 時間とリソースの効率性: ITへの依存を減らし、自動化プロセスと簡単なセットアップにより時間を節約します。
• セルフサービス機能: 研究者が広範な技術サポートなしで独自に分析を実行できるようにします。

互換性と統合

Code Oceanはさまざまなクラウドアーキテクチャで動作し、既存のシステムとの互換性を確保します。AWSと良好に連携し、他のDS/MLプラットフォームとのシームレスな統合を実現し、ベンダーロックインなしでスムーズなワークフローを可能にします。

顧客のフィードバックとケーススタディ

ユーザーは一貫してCode Oceanの強力な自動化機能とユーザーフレンドリーなインターフェースを賞賛しており、研究プロセスの加速、チーム間の協力の向上、およびデータ整合性の強化を実現しています。ケーススタディは、生産性の著しい向上と分析成果に対する信頼の高まりを示しています。

アクセスとアクティベーション方法

Code Oceanを始めるには、興味のある方は公式ウェブサイト Code Ocean を訪れ、デモをスケジュールするか、アカウントにサインアップして機能を探索することができます。

Code Oceanとは何ですか？

Code Oceanは、生物学およびバイオインフォマティクスのために特別に設計された計算科学プラットフォームです。コード、データ、および計算環境をカプセル化することによって、共同作業と再現可能な研究を可能にし、科学者が分析を実行し、パイプラインを構築し、機械学習モデルを安全なクラウドベースの環境で管理することを容易にします。

Code Oceanはどのような機能を提供していますか？

Code Oceanは以下のような主要な機能を提供しています：

• コンピュートカプセル：コード、データ、および計算環境を単一のオブジェクトにパッケージ化し、簡単に共有でき、再現可能です。
• パイプライン：計算作業を接続、オートメーション、並列化して研究プロセスを効率化します。
• モデル：機械学習モデルの追跡、登録、系統、推論のために統合されたMLflowを活用します。
• データ管理：複数のソースからのすべてのデータ資産を統一されたクラウド環境で管理します。
• 系統グラフ：結果生成の不変記録を維持し、透明性と再現性を保証します。
• コレクション：計算作業を整理し、可視化およびアクセス可能にします。
• アプリ：既存のノーコードバイオインフォマティクスアプリケーションを使用するか、新たに作成します。
• 管理パネル：単一のインターフェースからすべてのユーザー、リソース、データを管理します。

Code Oceanをどのように使用しますか？

Code Oceanを使用するには、以下の手順に従います：

1. サインアップ：Code Oceanにアカウントを作成してプラットフォームにアクセスします。
2. コンピュートカプセルを作成：コード、データ、および必要な環境をコンピュートカプセルにパッケージ化します。
3. パイプラインを構築：ビジュアルビルダーを使用して異なるプロセスを接続し、バイオインフォマティクスパイプラインを作成します。
4. データとモデルを管理：データ資産をアップロードして追跡し、MLモデル開発で協力し、再現性のために系統グラフを利用します。
5. 協力：同僚と作業を共有し、プラットフォーム内でプロジェクトを共同開発します。
6. 結果を監視：系統グラフやその他のツールを利用して計算ワークフローから生成された結果を監視します。

Code Oceanの価格はどうなっていますか？

Code Oceanの価格は、組織のニーズと使用状況に応じて変動します。具体的な価格詳細については、Code Oceanに直接お問い合わせいただくか、さまざまなユーザータイプ（バイオテクノロジー企業、研究機関、大学など）に特化したプランに関する情報を得るために公式ウェブサイトを訪れることをお勧めします。

Code Oceanを使用するための助けになるヒントはありますか？

• テンプレートを活用する：事前に用意されたコンピュートカプセルやパイプラインを使って初期設定を迅速に行います。
• 管理パネルを使用する：管理パネルに慣れて、ユーザーとリソースを効率的に管理します。
• MLflow統合を活用する：統合されたMLflow機能を最大限に活用して、機械学習モデルを追跡し、再現性を確保します。
• ウェビナーに参加する：Code Oceanが提供するウェビナーやリソースに参加して、ベストプラクティスや高度な機能について学びます。
• ドキュメントを参照する：プラットフォームのさまざまな機能の使用方法について段階的なガイダンスを得るために、ユーザードキュメントを定期的に参照します。

Code Oceanは私の研究データにとって安全ですか？

はい、Code Oceanはセキュリティとコンプライアンスを重視しており、データ管理のベストプラクティスを取り入れています。FAIR原則を支持し、データの発見可能性、アクセス可能性、相互運用性、再利用性を確保し、ユーザーアクセス管理やデータ整合性を維持するための機能も提供しています。

Code Oceanにサポートを求められますか？

はい、サポートに関する問い合わせは、Code Oceanのウェブサイトまたはサポート用メールアドレスsupport@codeocean.comを通じて行うことができます。プラットフォームを効果的に使用するためのユーザードキュメント、ガイド、FAQなどのリソースを提供しています。