Программное обеспечение вычислительной науки для биологии | Code Ocean

Code Ocean

Code Ocean — это инновационная платформа вычислительной науки, разработанная специально для нужд биотехнологической и фармацевтической отраслей. Предоставляя совместимую и воспроизводимую среду для биоинформатики и анализа данных, Code Ocean упрощает исследовательский процесс для вычислительных ученых, команд НИОКР и IT-специалистов. Сильный акцент на прослеживаемости и соблюдении стандартов позволяет исследователям уверенно управлять своими вычислительными рабочими процессами и гарантировать, что результаты являются как точными, так и воспроизводимыми.

Уникальные функции платформы, такие как вычислительные капсулы, пайплайны и интегрированное управление моделями, позволяют пользователям легко настраивать окружающую среду, проводить сложные анализы и отслеживать происхождение своих данных. Облачная инфраструктура Code Ocean позволяет организациям использовать существующие облачные архитектуры, устраняя необходимость в индивидуальных системах и способствуя бесшовному сотрудничеству между членами команды. В результате Code Ocean не только повышает эффективность исследований, но и ускоряет инновации в быстро развивающихся областях вычислительной биологии и биоинформатики.

Особенности продукта Code Ocean

Обзор

Code Ocean — это современная платформа вычислительной науки, созданная для биоинформатики и исследований и разработок в области биотехнологий и фармацевтики. Она позволяет ученым выполнять анализы, создавать конвейеры и управлять моделями машинного обучения в совместной и воспроизводимой облачной среде.

Основное назначение и целевая группа пользователей

Основная цель Code Ocean — оптимизация вычислительных рабочих процессов и улучшение сотрудничества в исследовательских условиях. Платформа специально разработана для вычислительных ученых, биоинформатиков, специалистов по НИОКР, лабораторных ученых и ИТ-команд в биотехнологических и фармацевтических компаниях, научных институтах и университетах.

Подробности функций и их работа

• Вычислительные капсулы: Упаковывают код, данные и окружение в один переносимый объект, обеспечивая воспроизводимость и простоту.
• Конвейеры: Позволяют пользователям подключать, автоматизировать, параллелить и масштабировать свою вычислительную работу с легким доступом к инструментам визуальной конфигурации.
• Модели: Интегрируют MLflow для отслеживания, регистрации, происхождения и вывода моделей машинного обучения без проблем.
• Управление данными: Организует и контролирует активы данных из различных источников в единой облачной среде.
• Граф происхождения: Автоматически генерирует и сохраняет подробный отчет о происхождении результатов для полной воспроизводимости.
• Коллекции: Собирать и организовывать вычислительную работу для улучшения видимости и доступности в рамках исследовательских проектов.
• Приложения: Предоставляют доступ к готовым безкодовым биоинформатическим приложениям или возможность создания пользовательских решений, адаптированных к конкретным потребностям.
• Административная панель: Всеобъемлющий интерфейс для эффективного управления всеми пользователями, ресурсами и данными.

Преимущества для пользователей

• Улучшенное сотрудничество: Способствует более простому и эффективному взаимодействию в рамках вычислительных проектов.
• Воспроизводимость и прослеживаемость: Обеспечивает надежное отслеживание результатов и методологий, повышая научную целостность.
• Экономия времени и ресурсов: Снижает зависимость от ИТ и экономит время за счет автоматизированных процессов и простоты настройки.
• Самообслуживание: Позволяет исследователям самостоятельно выполнять анализы без необходимости в обширной технической поддержке.

Совместимость и интеграция

Code Ocean работает на различных облачных архитектурах, обеспечивая совместимость с существующими системами. Он хорошо работает с AWS и интегрируется с другими платформами DS/ML, позволяя гладкий рабочий процесс без привязки к поставщику.

Отзывы клиентов и примеры использования

Пользователи постоянно хвалят Code Ocean за его мощную автоматизацию и удобный интерфейс, что приводит к ускорению исследовательских процессов, улучшению сотрудничества между командами и повышению целостности данных. Примеры использования показывают значительные приросты производительности и повышенное доверие к результатам анализа.

Способ доступа и активации

Чтобы начать работу с Code Ocean, заинтересованные стороны могут посетить официальный сайт Code Ocean и запланировать демонстрацию или зарегистрироваться для создания учетной записи, чтобы исследовать его функции.

Что такое Code Ocean?

Code Ocean — это платформа вычислительной науки, специально разработанная для биологии и биоинформатики. Она позволяет проводить совместные и воспроизводимые исследования, упаковка кода, данных и вычислительных сред, упрощая учёным выполнение анализов, создание конвейеров и управление моделями машинного обучения в безопасной облачной среде.

Какие функции предлагает Code Ocean?

Code Ocean предоставляет несколько ключевых функций, включая:

• Вычислительные капсулы: Упакуйте ваш код, данные и вычислительную среду в один объект для лёгкого обмена и воспроизводимости.
• Конвейеры: Соедините, автоматизируйте и параллелизируйте вычислительную работу для оптимизации исследовательских процессов.
• Модели: Используйте интегрированный MLflow для отслеживания, регистрации, родословной и вывода моделей машинного обучения.
• Управление данными: Обрабатывайте все данные из нескольких источников в единой облачной среде.
• График родословной: Поддерживайте неизменяемую запись того, как генерируются результаты, обеспечивая прозрачность и воспроизводимость.
• Коллекции: Организуйте и делайте вычислительную работу видимой и доступной.
• Приложения: Используйте существующие приложения по био-информатике без кода или создайте новые с нуля.
• Административная панель: Управляйте всеми пользователями, ресурсами и данными из единого интерфейса.

Как мне использовать Code Ocean?

Чтобы использовать Code Ocean, вы можете следовать этим шагам:

1. Зарегистрируйтесь: Создайте аккаунт на Code Ocean, чтобы получить доступ к платформе.
2. Создайте вычислительные капсулы: Упакуйте ваш код, данные и необходимые среды в вычислительные капсулы.
3. Создавайте конвейеры: Используйте визуальный редактор для соединения различных процессов и создания конвейеров био-информатики.
4. Управляйте данными и моделями: Загружайте и отслеживайте ваши данные, сотрудничайте в разработке моделей машинного обучения и используйте график родословной для воспроизводимости.
5. Сотрудничайте: Делитесь своей работой с коллегами и совместно разрабатывайте проекты на платформе.
6. Мониторьте результаты: Используйте график родословной и другие инструменты, чтобы отслеживать результаты, полученные из ваших вычислительных потоков.

Какова цена на Code Ocean?

Цены на Code Ocean варьируются в зависимости от потребностей организации и использования. Для получения конкретной информации о ценах лучше всего обратиться непосредственно к Code Ocean или посетить их веб-сайт для получения дополнительной информации о планах, адаптированных для различных типов пользователей, таких как биотехнологические компании, исследовательские институты и университеты.

Какие полезные советы по использованию Code Ocean?

• Используйте шаблоны: Начните с готовых вычислительных капсул и конвейеров, чтобы ускорить вашу первоначальную настройку.
• Используйте административную панель: Ознакомьтесь с административной панелью для эффективного управления пользователями и ресурсами.
• Воспользуйтесь интеграцией MLflow: Используйте функции интегрированного MLflow для отслеживания ваших моделей машинного обучения и обеспечения воспроизводимости.
• Участвуйте в вебинарах: Участвуйте в вебинарах и ресурсах, предлагаемых Code Ocean, чтобы узнать о лучших практиках и расширенных функциях.
• Документация: Регулярно обращайтесь к документации пользователя для пошагового руководства по использованию различных функций платформы.

Безопасен ли Code Ocean для моих исследовательских данных?

Да, Code Ocean подчеркивает безопасность и соответствие, используя лучшие практики для управления данными. Он поддерживает принципы FAIR, чтобы гарантировать, что данные доступны, доступны, совместимы и переиспользуемы, одновременно предоставляя функции для управления доступом пользователей и поддержания целостности данных.

Могу ли я обратиться в Code Ocean за поддержкой?

Да, для поддержки вы можете обратиться в службу поддержки Code Ocean через их веб-сайт или по электронной почте support@codeocean.com. Они предлагают ресурсы, такие как документация пользователя, руководства и частые вопросы (FAQ), чтобы помочь вам эффективно использовать платформу.